En comunidades de la costa central de Venezuela, ocurren intoxicaciones masivas, que ocasionan mortandad de peces y efectos sobre la salud de personas y animales domésticos. Para entender la dinámica de estos fenómenos, se requiere conocer la estructura comunitaria del fitoplancton durante los eventos. Con apoyo de la comunidad, se captaron muestras de fitoplancton durante tres intoxicaciones masivas ocurridas en los años 2010, 2014 y 2015 y se determinaron variables fisicoquímicas del agua. Como resultado, se obtuvo una comunidad diversa con presencia de diatomeas, dinoflagelados, cianobacterias y euglenofitas con diferencias significativas en la composición durante cada evento. Sin embargo, en las tres intoxicaciones masivas coincide un sobrecrecimiento de dinoflagelados del género Ostreopsis acompañado de la euglenofita Eutreptiella gymnastica, ampliamente conocidos por sus efectos tóxicos en floraciones algales cuando alcanzan densidades superiores a 1.000 células/litro. Al comparar, estas condiciones con aquellas en la que no hay intoxicación, se puede observar que la proporción de la densidad de Ostreopsis con respecto al resto de los dinoflagelados, sobrepasa el 50 %, lo cual pudiera servir de indicador durante las floraciones algales nocivas de estas especies.